西暦2801年を宇宙暦1年とした遥かな未来。 その勢力圏を銀河系にまで拡大させた人類は人類統一政府である銀河連邦を成立させるが、その政治体制は長い年月を経て腐敗していった。 社会の閉塞感を打破する強力な指導者が求められる中、宇宙海賊を壊滅させた連邦軍の英雄ルドルフ・フォン・ゴールデンバウムは、やがて政界に進出すると民衆の圧倒的支持を集めて独裁政権を確立し、首相と国家元首を兼任して終身執政官を自称。 宇宙暦310年に至って、「神聖にして不可侵たる」銀河帝国皇帝に即位して銀河帝国を建国、新たに帝国暦1年とした。 みずから行使する正義を信じてうたがわないルドルフは、共和主義者を中心とした反対派を弾圧・粛清し、議会を解散して専制政治へと移行させ、その支配は苛烈を極める一方、自身を支持する「優秀な臣民」に対しては特権を与え、帝国を支える強固な貴族階級を形成させた。 ルドルフの死後も、至高の権力をえるのはその子孫にかぎられ、世襲だけが権力の移動のあるべき姿になったかにみえた。
共和主義者たちはルドルフの死後も帝国の圧政に耐え忍ぶ日々が続いたが、帝国歴164年、アーレ・ハイネセンを中心として、みずから建造した宇宙船により帝国からの逃亡に成功。 銀河系の深奥部に歩を踏み入れ、指導者ハイネセンを事故で失うなど半世紀に及ぶ苦難の道程の末、帝国歴218年、ついに安定した恒星群を見いだし、そこで自由惑星同盟を建国。 民主共和政治を礎とする銀河連邦の正当な後継者との誇りから、宇宙歴を復活させ、勤勉さと情熱によって国家体制をととのえ、多産を奨励し、急速に勢力を拡大させた。
やがて帝国ではルドルフの死後3世紀を経て、さしも強固だった体制のたがもゆるみ、貴族たちは権力闘争に明け暮れ、規律や統制は弱まり、恒星フェザーン星系においては、地球出身の大商人レオポルド・ラープの異常なまでの説得、そして賄賂を伴う工作により、皇帝の主権下ながらも内政に関してほぼ完全な自治権を有した商業都市国家型のフェザーン自治領が形成された。一方、自由惑星同盟ではその存在が帝国に知れわたると、権力闘争に敗れた貴族を「来る者は拒まず」の精神で受け入れたことで次第に変質していくこととなり、建国当初の理念は薄れていった。
こうして人類は、専制政治を敷く銀河帝国と、民主共和制を唱える自由惑星同盟、および商業を中心としたフェザーン自治領の3つの勢力に分かれ、フェザーンがその経済力と政治工作により勢力を拡張する中、帝国－同盟間では慢性的な戦争状態が150年にわたって続いていた。 この長く不毛な戦いが永遠に続くかに思われていた宇宙暦700年代末、2人の英雄が出現し、人類の歴史は大きく展開し始める。
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宇宙暦776年/帝国暦467年、銀河帝国において、貴族とは名ばかりの貧家に生まれたラインハルト・フォン・ミューゼルは、敬愛する姉のアンネローゼが皇帝の後宮に納められた事で、ゴールデンバウム王朝への憎悪を抱くようになった。ラインハルトは、彼女を取戻すだけの力を得るために親友のジークフリード・キルヒアイスとともに帝国軍幼年学校に入学して軍人となる。やがて、腐敗したゴールデンバウム王朝を打倒し「宇宙を手に入れる」という野望を抱いたラインハルトは、その天才的な軍事的才能とキルヒアイスの補佐によって武勲を重ね、驚異的なスピードで昇進していく。ローエングラム伯爵家の家名を継ぎ、ラインハルト・フォン・ローエングラムとなった彼は、ついに20歳にして帝国元帥に就く。後に「常勝の英雄」「獅子帝」と呼ばれた彼の元には、現体制に不満を抱く若き才能が集まり、腐敗した体制のもと既得権益をむさぼる貴族からの反発の中にあって確固たる勢力を確立する。
一方、自由惑星同盟では、本来は歴史研究家志望であったものの、両親の死により歴史を無料で学ぶ方便として士官学校に入学し、不本意ながらも軍人になったヤン・ウェンリー（宇宙暦767年生まれ）が、本人の意思とは裏腹に歴史の表舞台に担ぎ上げられようとしていた。ヤンは暴力機関としての軍隊を嫌い退役生活を夢見ながらも、その軍事的才能によって望まぬ武勲を重ね、やがて提督に抜擢された。後に「不敗の名将」「魔術師ヤン」「奇跡のヤン」と評されたヤンは、母国の政治体制の腐敗を嘆き、戦争への懐疑を抱きながらも数々の戦いに身を投じることになる。
ラインハルトとヤンは、アスターテ会戦（アニメ版では第4次ティアマト会戦）において初めて対峙し、お互いの軍事的才能を認め合うこととなる。 その後、ヤンは、難攻不落と言われた帝国軍の要衝・イゼルローン要塞を、味方の血を一滴も流す事無く攻略。同盟軍はさらなる勝利を求めて帝国領内への侵攻を試みるが、ラインハルトの前に壊滅的大打撃を受けて敗退した。
ラインハルトはこの大勝利によって立場を強化し、さらに皇帝崩御の後継者争いに端を発した内戦によって、帝国内の門閥貴族勢力を駆逐して帝国の実権を掌握する。だがその過程で、自分の半身も同様の存在を自らの過失によって失い、それにともなって姉・アンネローゼにも決別を告げられる。ラインハルトにとって余りにも大きなこれらの代償は、以降の彼の覇業に大きな影を落とす事になる。
一方、帝国領侵攻作戦で大敗を喫した自由惑星同盟は、さらにクーデターによる内乱で著しく国力を疲弊させ、国防は難攻不落のイゼルローン要塞と、その総責任者となったヤンの知略に頼る以外なくなっていった。ヤンはラインハルトの戦略をたびたび看破しながらも、自らは文民統制を固持し続け、状況は自由惑星同盟にとって憂慮する方向へと進んでいく。
そして宇宙暦798年/帝国暦490年、ラインハルトは自由惑星同盟への大規模な侵攻作戦「神々の黄昏（ラグナロック）」を発動する。様々なしがらみを抱えながらも、それを迎え撃とうとするヤン。
ここに「常勝」と「不敗」の対決が始まり、さらに多くの会戦、陰謀、事件が複雑に絡み合って、銀河の歴史はさらに加速していく。
物語の世界
世界観
物語の舞台となる未来の宇宙、人類は恒星間航行の実現により太陽系外に進出し、銀河系の3分の1にまでその居住圏を広げている。地球はすでにその繁栄と人類社会の中心としての地位を失い、今では帝国領の辺境で半ば忘れ去られた存在である。銀河帝国と自由惑星同盟の間には、航行不能な広大な宙域が広がっており、その中で通行可能なのはイゼルローン回廊とフェザーン回廊と呼ばれる狭い宙域のみ。フェザーン回廊にはフェザーン自治領が存在するため、イゼルローン回廊とその周辺部における帝国軍と同盟軍の戦争が150年の長きにわたり慢性的に続いている。
人口は、かつての銀河連邦の最盛期に3,000億人を数えるほどだったが、銀河帝国の圧政とその後の消耗戦的な戦争の中で、帝国250億人・同盟130億人にまで減少している。両国の社会が疲弊する一方で、フェザーンは一惑星でありながら20億人を誇り、帝国・同盟との交易により経済も潤っている。医療技術は飛躍的に進歩し、癌などはすでに不治の病ではなくなった。しかし、人工器官やタンクベッド睡眠などの技術は戦争継続のために利用されており、医療技術の発展が兵器開発と並んで戦死者数をさらに拡大させる、という皮肉な状況となっている。
人々の生活環境は居住する星系により様々で、フェザーンやハイネセンなど多数の住民を抱える惑星では、超高層建築技術なども発達し非常に未来的な生活環境が享受されている。一方、辺境部などでは人口も少なく、帝国では領主である貴族の下で中世的な生活を強いられている人々も多い。都市部では立体TVなどが発達し、フライングボールというスポーツが帝国・同盟問わず人気の娯楽となっている。
作品世界では、宗教の概念が著しく衰退しているとされる。かつて地球上を覆った破滅的な戦争において、救世主たる神がついに現れなかったからでもあるが、その結果道徳的な規範が脆く社会の退廃が進みやすい側面を持つ。一方で、帝国人にとってのヴァルハラの思想など、一定の宗教的概念は存在する。また近年、人類の発祥地である地球を信仰の対象とした地球教が、社会に急速な浸透を見せているとされる。その本質と実態が、物語の展開にも大きく関わってくる事になる。
暦
作中では、西暦の延長にあたる「宇宙暦・帝国暦・新帝国暦」という暦が使用されている。宇宙暦は銀河連邦が成立した時、帝国暦は銀河帝国が成立した時、新帝国暦はローエングラム王朝が成立した時、をそれぞれの元年としている。また、宇宙暦は帝国暦制定時に廃止されたが、自由惑星同盟成立時に復活している。
簡易な換算式を示すと、西暦3599年＝宇宙暦799年＝帝国暦490年＝新帝国暦1年、となる。
作品構成上の矛盾点
作品中に登場する人物や艦船類は、作者も把握しきれないほどの膨大な数に及び、それらが複雑に絡み合う展開が特徴である。しかしそのため、作品中には誤記も含め、多くの矛盾点が読者を中心に指摘されてもいる。中には作者も認める矛盾点、設定上の都合もあり、その後の各文庫版やアニメなどのメディア展開の中で修正されている箇所もある。